Tak jako u člověka používáme na nemoci léky, tak na ochranu rostlin proti chorobám a škůdcům (patogenům) používáme pesticidy. Adaptace spočívá ve vývoji nových pesticidů, které jdou ruku v ruce s tradičními, ale i novými invazními patogeny. Stejně tak se po určité době objeví u patogena získaná odolnost (rezistence) proti používaným pesticidům, které se tak rychle stávají méně účinné. Pesticidy nám tak na jednu stranu pomáhají získávat a konzumovat zdravé potraviny bez zdraví poškozujících toxinů z plísní či dalších hub. Na stranu druhou je při jejich nadužívání významným nebezpečím únik těchto látek do povrchových a také podzemních vod. Dalším významným adaptačním opatřením je šlechtění odolných odrůd vůči patogenům. Příkladem mohou být GMO (geneticky modifikované odrůdy) jako jsou např. tzv. Bt odrůdy kukuřice, které jsou vůči konkrétnímu škůdci (v tomto případě zavíječi kukuřičnému) zcela imunní. Mezi adaptační opatření můžeme zařadit i tzv. systémy včasné výstrahy, které uživateli sdělují, kdy nastávají např. vhodné podmínky pro výskyt choroby nebo škůdce a umožní mu připravit včasnou cílenou ochranu (např. portál Agrorisk). I tímto přesným způsobem aplikace ochrany se mimo jiné můžeme bránit zmiňovanému nadužívání pesticidů a jejich nechtěným únikům do podzemních a povrchových vod.