Patogeny zcela přirozeně, a přitom velmi rychle, reagují na vývoj podnebí. Může se jednat o vyšší aktivitu domácích teplomilných patogenů , ale také jde i o nové druhy, které se dříve na našem území z důvodu nižších teplot nemohli rozmnožovat. Tyto nepůvodní druhy nazýváme invazními patogeny. Zvýšené teploty mění také podmínky pro počet generací, kterých tak může být víc, či umožňují výskyt patogenů i ve vyšších nadmořských výškách, kde se původně nevyskytovaly. Typickými příklady je známá mandelinka bramborová nebo někteří obaleči, kteří vytváří v posledních letech o jednu generaci více. Řada teplomilných škůdců, jejichž výskyt býval omezen na nížiny, jsou dnes naprosto běžnými i v podhorských oblastech. Příkladem může být motýl zavíječ kukuřičný, nebo také obyčejné klíště. To se skutečně před padesáti lety v nadmořských výškách nad 700 m vyskytovalo zcela výjimečně. Z desítek invazních druhů se významně rozšířil např. škůdce bázlivec kukuřičný, případně choroby stolbur či esca jako nové, ale v současné době již zásadní nemoci vinné révy. Je však logické, že jak se některé druhy ve změněných podmínkách dostanou blíže k jejich životnímu optimu a budou se šířit, dosáhnou vyšších početností a jejich škodlivost poroste. U jiných (vlhkomilných a chladnomilných) tomu může být naopak a význam budou ztrácet (např. plodomorky nebo drátovci). existuje totiž poměrně rozšířená představa, že teplé zimy podporují rozvoj škůdců a podporují tak jejich dobré přezimování. Ve střední Evropě je to až na výjimečné případy ale právě naopak. Převážná většina středoevropských škůdců přečkává zimu ve stádiu, ve které je jeho vývoj zpomalený, pozastaven a životní pochody silně omezeny. Tomuhle stádiu říkáme diapauza. Ta umožňuje přežít periodická období nepříznivých vnějších podmínek. Toto stadium však musí hmyz absolvovat při dostatečně nízké teplotě, často pod bodem mrazu, a po dostatečně dlouhou dobu. Teplá zima bez mrazů nebo delší období s teplotami nad 10 ºC vedou tak k jejich vysoké úmrtnosti. Ta není způsobena jen nevhodnou teplotou pro průběh diapauzy, ale také např. i rozvojem patogenů škůdců a větší dostupností predátorům. Pokud se klimatická změna projevuje průběhem bezmrazových zim, je většina středoevropských škůdců ovlivněna negativně a význam některých může klesat. Zimním oteplením budou pozitivně ovlivněny jen nemnohé druhy, pro které není zimní klidové období nezbytnou součástí vývoje, ale při ochlazení pouze snižují aktivitu. Z pohledu zemědělského rostlinolékařství se největším problémem stává variabilita počasí doprovázená variabilitou patogenů. Kvůli atypickým ročníkům platí, že se mění jejich čitelnost a předpověď chorob a škůdců, kdy jeden rok je jeden druh naprosto dominantní a druhý rok se prakticky nevyskytuje a je nahrazen patogenem jiným. Typickým případem je jarní výskyt různých druhů škůdců u řepky.