Pro zachování zdravé funkce vodního ekosystému je definován minimální zůstatkový průtok. Jedná se o průtok, při kterém vodní tok díky samočistící schopnosti zvládá udržovat vodu dostatečně čistou pro život v ní obsažený. Nižší průtoky v tocích s sebou tedy nesou přímé ohrožení stavu vodních ekosystémů a při překročení kritické meze koncentrací polutantů se toky mohou stát prostředím abiotickým – nevhodným pro život.